לאחר הפסקה בת שנה, פתח מכון מנדל את תכנית עמיתי ירושלים לשנת 2008/9. בתוכנית השתתפו חמישה עמיתים שזכו להכרה על שום הישגיהם כמחנכים יהודים, כמובילים ארגוניים וכיזמים חברתיים. במהלך השנה חקרו העמיתים ודנו בתיאוריות של החינוך, ביעדים  לחיים טובים, בפלורליזם, ובתיאוריה מול מעשה.

כל עמית הקדיש חלק ניכר מהשנה לפיתוח פרויקט אישי שהוא חלק מהתהליך החינוכי היישומי. הפרויקטים התייחסו לאתגרים החשובים הטמונים בחינוך היהודי ובקהילה היהודית, והיו הזדמנות לבחון את הקשר בין התיאוריה לבין המעשה ואת תפקיד החזון במנהיגות החינוכית היהודית. לעמיתים הוצמדו מנחים אישיים שליוו את עבודתם בתחום ויעצו להם. בנוסף להנחיה האישית קיבלו העמיתים משוב על הפרויקטים במסגרת סדנאות שבועיות מחברי סגל ומעמיתיהם; הללו ביקרו ואיתגרו את יצירתם וסייעו בפיתוחה. התכנית הגיעה לשיאה ביוני השנה, כשהציגו העמיתים את הפרויקטים שלהם לשותפיהם בתכנית, לסגל המכון ולעמיתים מעולמם המקצועי.

עמיחי לאו-לביא חיבר ספר המציג את העשור האחרון בפעילותו כמייסד וכמנהל "סיפור סיפורי התורה"
(Storahtelling). הספר, שכותרתו "Bible, Interrupted", מציג את תגליותיו, רעיונותיו ושיטותיו הפדגוגיות. הוא מציג את התפתחות התנ"ך כטקסט מדובר, כתוב ומתורגם, תוך התמקדות בדרשות השבועיות שהן הטקס הציבורי המרכזי של הוראת התנ"ך ביהדות. באמצעות ניתוח המתודולוגיה של הדרשות מציג לאו-לביא מודל ייחודי בן חמישה שלבים, להטמעתן של המסורות המקודשות בזירה הציבורית העכשווית.

בפרויקט שלה חקרה אסתי מוסקוביץ-קלמן את אופי היחסים בין מנהיגי יהדות צפון-אמריקה לבין ישראל. כחלק מהמחקר ריאיינה מוסקוביץ-קלמן רבנים מצפון-אמריקה, אנשי מקצוע בתחום היהדות ופעילי שטח בולטים. כחלק ממסקנות המחקר שלה היא הציעה פרופיל של "המנהיג המחויב-לישראל" וכן דגם להכשרת מנהיגים מצפון-אמריקה למחויבות למדינת ישראל.

סרינה איזנברג פיתחה את חזון "תיקון עולם" המתווה את הפעילות החינוכית היהודית להנחלת ערכי צדק חברתי ביהדות צפון-אמריקה. היא העלתה הצעות ושאלות לגבי הכשרות-המשך למחנכים יהודים שמטרתן להעמיק את ההבנה של "תיקון עולם" כצמיחה מוסרית אישית וקיבוצית באמצעות פעולה, וכן ברמה הקוגניטיבית, הרגשית והרוחנית.

מתוך חשש שמא הציווי היהודי ללמוד מהאחר ולדאוג לו אבד בתהליך התרגום מהטקסט למעשה, בחנה מרים מרגלס את הדינמיקות המעכבות את יישום התהליך. מרגלס, שחזתה חיים יהודיים משגשגים שהיחס המתחשב כלפי האחר נחשב בהם לערך עליון, פיתחה חזון לחינוך יהודי המאמץ תכונות של קרבה המבוססת על סקרנות, נדיבות ואכפתיות, ומתמודד במכשולים בדרך להשגת חיים אלה.

ונדי אמסלם פיתחה רכיב הכשרה מקצועית לנשים שלומדות בתוכנית המלאה של מכון "דרישה". במסמך שחיברה העלתה אמסלם כמה מהחלופות והאתגרים הנוגעים לשילוב רכיב הפיתוח המקצועי בתוכנית בית המדרש הקיימת.

על-פי רשמי העמיתים, המנחים, סגל המכון ואנשי המקצוע החיצוניים, נראה כי תכנית העמיתים בת השנה נחשבת להצלחה, לאחר ששילחה חמישה בוגרים להתמודד באתגרים חינוכיים יהודיים חשובים, בדרכם להותיר את חותמם בתחום זה.